Dr. Pedro Julio Collado Vides

Investigación en ciencias naturales

En los inicios de la investigación sobre ciencias genómicas, el doctor Julio Collado Vides eligió el estudio de los genomas como el centro de sus investigaciones. Actualmente, el doctor Collado Vides es una autoridad en el tema.

Julio Collado Vides, se había doctorado en 1992 –cuando incluso un sector de la comunidad científica mundial veía con escepticismo la importancia del genoma en el estudio de la genética– con una investigación muy novedosa: Teoría lingüista de la estructura y la regulación de unidades de transcripción, tesis por la que obtuvo el Premio Weizmann en Ciencias Naturales 1990, por parte de la entonces Academia de Investigación Científica y que además fue el punto de partida para sus trabajos futuros sobre la teoría lingüística aplicada al análisis de la organización de elementos de regulación en el DNA.

Collado Vides es uno de los pionero en México del estudio del genoma, es un líder nacional y mundial en ese tema y es quien ha abierto brecha en asuntos tan importantes como la bioinformática y genómica computacional –ambas vinculadas al genoma–, y en el desarrollo de las ciencias genómicas en nuestro país, particularmente en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM).

Prueba del gran prestigio internacional del que goza el científico, es el hecho de que su laboratorio es reconocido como líder mundial en la regulación genética microbiana, ya que el también miembro del Sistema Nacional de Investigadores elaboró la representación computacional de la diversidad de mecanismos de regulación transcripcional en E.coli, lo que podría llamarse la “Piedra de Rosetta” de dicha regulación. RegulonDB y EcoCyc, bases de datos de gran relevancia de E.coli, fueron los aportes fundamentales de Collado Vides en el proyecto genómico E.coli.

Además, en 2002 fue nombrado miembro de la International E.coli Alliance y entre 1999 y 2002 fue integrante del Board of Directors de la International Society for Computational Biology.

En México, en tanto, su liderazgo y su prestigio son incuestionables. De ahí las importantes tareas que ha desempeñado como presidente fundador de la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas en el periodo 2001-2004; y la invitación que recibió para que se integrara a la Comisión Nacional para el Genoma Humano del Gobierno de la República.

El doctor Julio Collado Vides es investigador titular C de tiempo completo en el Centro de Investigación sobre Fijación de Nitrógeno de la UNAM, ubicado en Cuernavaca, Morelos. Es doctor en investigación biomédica básica por la máxima Casa de Estudios del país. Cursó la maestría en fisicoquímica, en la División de Estudios de Posgrado de la Facultad de Química de la Universidad, y obtuvo el grado con la tesis Factores en la determinación del pH en soluciones de interés bioquímico en 1986. Hizo la licenciatura en investigación biomédica básica en la UNAM también, y su tesis se tituló Modelos de complejo activado en transporte membranal.

Su estancia posdoctoral en el prestigiado Instituto Tecnológico de Massachusetts –como becario Internacional Fogarty de los Institutos Nacionales de Salud de Estados Unidos– fue crucial para Collado Vides, ya que durante ese lapso (1989 a 1992) elaboró un modelo de regulación genética en Escherichia coli y de paso estableció los fundamentos matemáticos del enfoque gramatical de regulación.

A partir de ese momento, todo el trabajo académico de Julio Collado se concentró en estas líneas de investigación, mismas que han derivado en importantes resultados como la elaboración de modelos teóricos y su fundamentación matemática, basados en gramática generativa, y de nuevos algoritmos para la identificación de elementos regulatorios y operones en genomas microbianos.

Asimismo, otras de las contribuciones científicas del trabajo, del también miembro regular de la Academia de la Investigación Científica, son la elaboración de un nuevo enfoque de interpretación de las causas evolutivas de la transferencia horizontal microbiana; y la generación del soporte computacional para el análisis y anotación del genoma Rhizobium etli.

Todos estos aportes del doctor Collado están publicados en dos libros en los que es coautor –Integrative appproaches to molecular biology y Gene regulation and metabolism– y en revistas de prestigio internacional en las que además ha sido citado más de 3 mil 500 veces. Tan solo por su artículo en coautoría sobre la secuencia del genoma E.coli ha sido nombrado como referencia en 2 mil 255 ocasiones. Además, el científico ha publicado en revistas 55 artículos firmados por él solo o con otros colegas, y es coautor de 13 capítulos de libros.

Ponente en innumerables congresos, el doctor Collado Vides ha estado en Estados Unidos, Francia, Alemania, Japón, Dinamarca e India, entre otros países.

Asimismo, ha impartido 41 seminarios en sitios tan importantes para el estudio del genoma como las universidades de California y de Harvard, en Estados Unidos; en el Institute of Genomics and Integrative Biology en India y en los institutos Henri Poincaré y Pasteur en París, Francia.

En docencia, el doctor Collado fue miembro del grupo que diseñó el programa de la licenciatura en ciencias genómicas y ha asesorado estancias posdoctorales y dirigido tesis de doctorado, maestría y licenciatura.

Actualmente, el investigador mantiene una intensa colaboración con grupos de científicos de países en los que el estudio de la genómica computacional está a la vanguardia y es uno de los investigadores responsables del proyecto Desarrollo de la ciencia genómica en México: el genoma de Rhizobium etli como sistema modelo, el cual es apoyado por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología.